少し前ですが、MySQL＋PHPで組んでいるシステムで謎のエラーが発生しました。
調べてみると、あるデータが別のデータに置き換えられるという、これまで経験したことのない恐ろしい症状が出ています。
しかも、システムのアップデートを機にエラーが発生したのではなく、何もしていないのにある日突然狂いだすという症状でした。

まず、ハッキングされたのかと疑い、バックアップとの差異などを調べてみたものの、最新の一部のデータのみが上書きされており、データを壊された形跡がありません。
レンタルサーバーだったので、MySQLやPHPのバージョンアップ情報や障害情報がないか調べてみるも空振り。途方に暮れました。

色々と調べていくうちに、古いデータは正しく更新できるのに、新しいデータを登録すると、あるレコードが上書きされるテーブルがあることを突き止め、更に精査して、smallintのIDフィールドが最大値である32767になっていることが原因と分かりました。
文章にすれば数行ですが、嫌な汗は流れるし、時間はかかるしで散々だったので、皆様もお気を付けください。